Maciej Prus ukończył aktorstwo w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej w Krakowie w 1961 roku oraz Wydział Reżyserii Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Warszawie w 1968 roku. Przez kilka lat związany był z Teatrem Starym w Krakowie, także z Jerzym Grotowskim i jego Teatrem Laboratorium 13 Rzędów w Opolu.
Jego pierwsza reżyserska realizacja to „Pierwszy dzień wolności” Leona Kruczkowskiego w Bałtyckim Teatrze Dramatycznym w Koszalinie. Pracował w teatrach w całej Polsce, m. in.: w Warszawie (Teatr Ateneum, Teatr Dramatyczny, Teatr Narodowy, Teatr Polski), Łodzi (Teatr im. Stefana Jaracza, Teatr Nowy), Teatr Polski w Poznaniu, Teatr Polski we Wrocławiu, czy Teatr im. Wojciecha Bogusławskiego w Kaliszu. Był kierownikiem artystycznym i reżyserem Teatru Muzycznego w Słupsku, a w latach 1980–82 pełnił funkcję kierownika artystycznego Teatru Wybrzeże w Gdańsku. W latach 1990-1993 był dyrektorem artystycznym Teatru Dramatycznego w Warszawie.
Na scenie operowej zadebiutował słynną inscenizacją „Strasznego dworu” w Teatrze Wielkim w Warszawie w 1972 roku. Występowały w niej wielkie gwiazdy: Zdzisława Donat była Hanną, Pola Lipińska Jadwigą, Andrzej Hiolski Miecznikiem, Bernard Ładysz Skołubą. Po raz pierwszy z rolą Cześnikowej mierzyła się wtedy Krystyna Szostek – Radkowa. Dyrygował Jan Krenz, a Bogdan Paprocki śpiewał Stefana po raz 150.
To w jego „Koronacji Poppei” Claudia Monteverdiego wystawionej na scenie im. Emila Młynarskiego w Teatrze Wielkim w 1992 roku śpiewali studenci Wydziału Wokalnego Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Warszawie, m. in.: Małgorzata Walewska, Edyta Ciechomska, Agnieszka Zwierko, Alicja Węgorzewska, Krzysztof Kur, Marta Boberska, Dorota Całek, czy Krzysztof Borysiewicz.
Maciej Prus zrealizował na scenie operowej m. in.: „Don Giovanniego”, „Króla Rogera”, „Eugeniusza Oniegina”, „Lukrecję Borgię”, „Fidelia” czy „Falstaffa”, „Tankreda”, „Cyganerię” czy „Potępienie Fausta”. Jedną z jego ostatnich realizacji była polska prapremiera „Tramwaju zwanego pożądaniem” André Previna w Teatrze Wielkim w Łodzi w 2018 roku z wybitną rolą Joanny Woś jako Blanche DuBois.
W roku 2004 na spotkaniu z członkami Ogólnopolskiego Klubu Miłośników Opery „Trubadur” mówił: Na dzieło operowe składają się trzy elementy: inscenizacja (obraz), która jest dziełem reżysera i scenografa, reżyseria, czyli ruch aktorów w tej przestrzeni, i muzyka. Reżyserzy operowi często „odpuszczają” śpiewakom, a przecież nie ma aż tak wielkiej różnicy między reżyserowaniem aktora i śpiewaka.
Dodał też wtedy, że śpiewanie jest piekielnie trudnym zawodem, a opera wspaniałą, piękną sztuką, dlatego nie sądzę, żeby kiedykolwiek miała zniknąć. Może mieć chwile kryzysu, upadku, ale zawsze będzie. Jest to sztuka wyjątkowa!
Według Encyklopedii Polskiego Teatru podczas swojej kariery przygotował ponad 120 premier. Jego ostatnią produkcją teatralną byli „Letnicy” Maksyma Gorkiego w warszawskim Teatrze Narodowym w 2019 roku.
