Jan Andrzej Paweł Kaczmarek urodził się 29 kwietnia 1953 roku w Koninie. Pochodził z muzycznej rodziny i jako dziecko uczył się gry na fortepianie. Już w podstawówce komponował muzykę do szkolnych przedstawień. Marzył o karierze dyplomaty i ukończył studia prawnicze na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Odbył staż w Teatrze Laboratorium Jerzego Grotowskiego. W latach 70. współpracował także z z Teatrem Ósmego Dnia, w którym stworzył kameralną Orkiestrę Ósmego Dnia. W 1989 roku na stałe wyjechał do USA i zamieszkał w Los Angeles.
Nagrywał płyty dla takich wytwórni jak m.in. Sony Classical, Decca, Varèse Sarabande, Milan i Savitor Records. Koncertował zarówno w USA, jak i w Europie. Był członkiem Amerykańskiej Akademii Filmowej i Europejskiej Akademii Filmowej.
Był też autorem muzyki do ponad 70 filmów, m. in. „Całkowite zaćmienie” i „Plac Waszyngtona” Agnieszki Holland, „Hania” Janusza Kamińskiego, „Aż po grób” Aarona Schneidera, „Niewiernej” Adriana Lyne’a oraz „Mojego przyjaciela Hachiko” Lasse Hallström. W 2005 roku zdobył Oscara za muzykę do filmu „Marzyciel” wyreżyserowanego przez Marca Forstera z udziałem Johny’ego Deppa i Kate Winslet. To historia przyjaźni pisarza Jamesa Barriego z wdową i jej synami, którzy zainspirowali go do napisania „Piotrusia Pana”.
Pisał też utwory związane z historią Polski: „Kantatę o Wolności” (prawykonanie podczas obchodów 25. rocznicy Solidarności w sierpniu w 2005 roku w Gdańsku); „Oratorium 1956” (wykonane po raz pierwszy 28 czerwca 2006 w dniu 50. rocznicy Powstania Poznańskiego Czerwca). W 2011 roku w Filharmonii Narodowej odbyła się prapremiera „Koncertu Jankiela na troje cymbałów i orkiestrę”, utwór został zagrany przez Sinfonię Varsovię pod dyrekcją Marca Minkowskiego. W 2014 roku z okazji obchodów 650-lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie powstała „Universa – Opera Otwarta”. W 2017 roku skomponował „Emigrę – Symfonię bez Końca”, na zamówienie Muzeum Emigracji w Gdyni. W 2019 roku na Stadionie Śląskim w Chorzowie odbyła się prapremiera „Rapsodii Śląskiej”, napisanej z okazji 100-lecia Powstań Śląskich. W 2021 roku zaprezentowano „Fantazję dla Sopotu” skomponowaną z okazji 120-lecia nadania praw miejskich, orkiestrą Polskiej Filharmonii Kameralnej w Sopocie dyrygował Wojciech Rajski.
W 2004 roku powołał do życia Instytut Rozbitek w Rozbitku w gminie Kwilcz zajmujący się działalnością edukacyjną i produkcją artystyczną. Był twórcą i dyrektorem Transatlantyk Festival, którego pierwsza edycja odbyła się w Poznaniu w 2011 roku.
Jan A.P. Kaczmarek był wirtuozem gry dwoma smyczkami na Fidoli Fischera. W 1983 roku wraz z poznańskimi lutnikami Stefanem i Jakubem Niewczykami stworzył instrument muzyczny niewkacz, którego konstrukcja została oparta na Fidoli Fischera, ale była powiększona do 99 strun. Niewkacz istnieje w jedynym egzemplarzu, był używany w latach 80. przez Jana A. P. Kaczmarka w niektórych nagraniach i koncertach Orkiestry Ósmego Dnia. Nazwa wywodzi się od twórców (Niewczyk-Kaczmarek).
Zmarł z powodu zaniku wieloukładowego (MSA), z którym zmagał się od dłuższego czasu. Wiadomość o śmierci przekazała jego żona Aleksandra Twardowska-Kaczmarek za pośrednictwem Polskiej Fundacji Muzycznej. We wpisie na profilu Polskiej Fundacji Muzycznej w mediach społecznościowych czytamy: Z ogromnym żalem i smutkiem przekazujemy informację, która przed momentem do nas dotarła: Po długiej i ciężkiej chorobie zmarł mój mąż Jan A.P. Kaczmarek. Do końca był wojownikiem ufającym, że wyzdrowieje i będzie dzielił się swoją twórczością z nami… Czuwałam przy nim do końca. Zmarł otoczony miłością. Wartością, w którą wierzył najmocniej.
