Studiowała muzykologię i śpiew w Zurychu, Bazylei i Mannheim. Już w 1987 roku zwróciła na siebie uwagę międzynarodowej krytyki, zdobywając II nagrodę w prestiżowym Konkursie im. Marii Callas w Atenach (kategoria oratorium/pieśń). Początki kariery związane były z zespołami oper w St. Gallen i Wiesbaden, gdzie kreowała m.in. Rozynę w „Cyruliku sewilskim”, Adalgisę w „Normie” oraz tytułową rolę w „Carmen” Georgesa Bizeta.
Przełomem okazał się rok 1994 i triumf w roli Giovanny Seymour w „Annie Boleynie” Gaetana Donizettiego w Operze w Monte Carlo. W kolejnym sezonie zadebiutowała na scenie mediolańskiej La Scali jako Giulietta w „Opowieściach Hoffmanna”. Od tego momentu występowała regularnie w najważniejszych teatrach operowych Europy i świata – m.in. w Operze Paryskiej, Metropolitan Opera w Nowym Jorku, Staatsoper Wien oraz Royal Opera House Covent Garden – a także na festiwalach w Bayreuth i Salzburgu.
Szczególne miejsce w jej dorobku zajmowały role późnoromantyczne i dramatyczne: Brangena w „Tristanie i Izoldzie”, Kundry w „Parsifalu”, Fricka w „Pierścieniu Nibelunga”, Eboli w „Don Carlosie”, Ulryka w „Balu maskowym” oraz Pani Quickly w „Falstaffie”. Przez wiele lat była artystycznie związana z Operą w Zurychu, gdzie kreowała wiodące partie w repertuarze Verdiowskim i Wagnerowskim, a także role w operach francuskich i rosyjskich.
Równie imponująca była jej kariera koncertowa. Yvonne Naef należała do najwybitniejszych interpretatorek muzyki Gustava Mahlera – wykonywała m.in. II, III i VIII Symfonię, „Pieśń o ziemi”, „Kindertotenlieder” oraz pieśni z cyklu „Des Knaben Wunderhorn” pod batutą takich dyrygentów jak Pierre Boulez, Sir Simon Rattle, Gustavo Dudamel, Kent Nagano, James Levine czy Franz Welser-Möst. Jej sztukę cechowały wyjątkowa głębia interpretacji tekstu, ciemna, nasycona barwa głosu oraz ogromna siła dramatyczna.
Od 2014 roku Yvonne Naef była cenioną pedagog śpiewu na Zürcher Hochschule der Künste, gdzie z wielkim zaangażowaniem przekazywała młodemu pokoleniu artystów swoje ogromne doświadczenie sceniczne. Pozostawiła po sobie bogatą dyskografię – obejmującą m.in. „Trubadura”, „Złoto Renu”, „Walkirię”, „Gurrelieder”, IX Symfonię Beethovena czy „Poèmes pour Mi” Oliviera Messiaena. Polska publiczność również miała okazję ją podziwiać. Artystka występowała m.in. w 2016 roku podczas Wielkanocnego Festiwalu Ludwiga van Beethovena w Warszawie (prezentowano wybrane sceny z „Parsifala”, jako Amfortas występował wtedy Tomasz Konieczny).
