Urodziła się w Savonie we Włoszech w 1934 roku. Zadebiutowała w swoim rodzinnym mieście w 1952 roku, w wigilię Świąt Bożego Narodzenia, śpiewając tytułową Traviatę. Miała wtedy 18 lat. Rok później zadebiutowała w La Scali w Mediolanie w słynnej inscenizacji opery Alfredo Catalaniego „La Wally”, wykonując spodenkową partię Waltera u boku Renaty Tebaldi i Mario del Monaco. Przełom w jej karierze nastąpił w 1957 roku na festiwalu w Edynburgu, kiedy zastąpiła Marię Callas w przedstawieniu „Lunatyczki” Vincenzo Belliniego. Scotto, mając 23 lata, stała się wtedy wielką międzynarodową gwiazdą.
Do jej koronnych ról w latach 50. i 60. należały „Łucja z Lammermoor” Gaetana Donizettiego, Mimi w „Cyganerii” Giacomo Pucciniego oraz „Madame Butterfly”, tą rolą zadebiutowała w 1965 roku w Metropolitan Opera w Nowym Jorku i z tą sceną związana była do końca swojej kariery.
W latach 60. była, obok m. in. Leyli Gencer czy Virginii Zeani, jedną z koronnych śpiewaczek epoki odrodzenia belcanta. Kreowała tytułowe bohaterki Vincenza Belliniego i Gaetana Donizettiego, takie jak: Zaira, Maria di Rohan, Norma, Beatrice di Tenda, czy Anna Bolena. Stopniowo zaczęła śpiewać także partie dramatyczne: Lady Makbet, Santuzzę w „Rycerskości wieśniaczej”, Abigaille w „Nabuccu”, Giocondę i Toskę.
Regularnie występowała w San Francisco Opera; Lyric Opera of Chicago, Dallas Opera, Royla Opera House w Londynie, Teatro del Liceu w Barcelonie, La Fenice w Wenecji i Teatro Colón w Buenos Aires. Gościła na scenach w Madrycie, Genui, Florencji, Bolonii, Trieście, Palermo, Rzymie, Berlinie, Paryżu, Miami, Tokio, Pittsburghu i Osace.
Na scenie operowej występowała ponad 40 lat. Pod koniec swojej kariery Scotto śpiewała Fedorę w dziele Umberto Giordana (Barcelona, 1988), Charlottę w „Wertherze” Julesa Masseneta, Marszałkową w „Kawalerze srebrnej róży” Ryszarda Straussa (Charleston Spoleto Festival, 1995 i Catania), Kundry w „Parsifalu” Ryszarda Wagnera i Klitamnestrę w „Elektrze” Ryszarda Straussa. Pozostawiła po sobie ogromną dyskografię.
Po zakończeniu kariery wokalnej zajęła się reżyserią operową oraz nauczaniem. Związała się z Accademia Nazionale di Santa Cecilia w Rzymie i Juilliard School w Nowym Jorku. Prowadziła także kursy mistrzowskie. Była żoną wiolonczelisty i dyrygenta Lorenzo Anselmiego, który był też menedżerem śpiewaczki. Anselmi zmarł w 2021 roku, małżonkowie przeżyli ze sobą razem ponad 60 lat.
