Magdalena Stefaniak ukończyła Akademię Muzyczną im. I. J. Paderewskiego w Poznaniu w klasie Barbary Mądrej. Była uczestniczką Akademii Operowej Teatru Wielkiego – Opery Narodowej w Warszawie. Umiejętności wokalne kształtowała pod okiem renomowanych artystów oraz pedagogów, takich jak: Izabela Kłosińska, Agata Młynarska, Ewa Podleś, Olga Pasiecznik, Thomas Hampson, Jerzy Marchwiński, René Massis.
Jest zdobywczynią Grand Prix IV Międzynarodowego Konkursu Wokalnego VIVA CALISIA (2022), laureatką 2. nagrody na II Ogólnopolskim Konkursie Wokalnym im. Bogdana Paprockiego (2021), 3. nagrody na IX Międzynarodowym Konkursie Wokalnym im. Jana Kiepury (2022), Grand Prix I Międzynarodowego Konkursu Operowego im. F. Mireckiego w Przemyślu (2023) i finalistką International Opera Competition Salice D’Oro – Vienna Edition 2022.
Zadebiutowała w 2013 roku jako Hrabina w „Weselu Figara” Wolfganga Amadeusza Mozarta na deskach Teatru Wielkiego w Poznaniu. Od tego czasu występuje na scenach m. in.: Teatru Wielkiego – Opery Narodowej w Warszawie, Komische Oper w Berlinie, Opery Bałtyckiej w Gdańsku, Mazowieckiego Teatru Muzycznego w Warszawie, Opery Krakowskiej, Opery i Filharmonii Podlaskej w Białymstoku.
W repertuarze artystki są takie partie jak: Hanna w „Strasznym dworze” Stanisława Moniuszki, Musetta w „Cyganerii” Giacomo Pucciniego, Bronka w „Janku” Władysława Żeleńskiego, Psyche w „Erosie i Psyche” Ludomira Różyckiego, Violettę w „Traviacie”, Norinę w „Don Pasquale”, Zuzannę w „Weselu Figara”, Frasquitę w „Carmen”, Despinę i Fiordiligi w „Così fan tutte”, Hanna Glawari i Walentyna w „Wesołej wdówce” Franza Lehára, Basia w „Cudzie albo „Krakowiakach i Góralach” Jana Stefaniego.
W 2019 roku wykonywała partię sopranową w „Weselu” Igora Strawińskiego wystawionego na deskach Teatru Wielkiego – Opery Narodowej w Warszawie. Sopranistka wykonuje także dzieła oratoryjno-kantatowe, współpracuje z Filharmonią Narodową, Filharmonią Poznańską, Filharmonią Zielonogórską, Filharmonią Lubelską oraz Lwowską Filharmonią Narodową.
Partię Pierwszej Damy w słynnej realizacji „Czarodziejskiego fletu” Barrie Kosky’ego kreowała na scenie Teatru Wielkiego – Opery Narodowej oraz Komische Oper w Berlinie. Teraz wystąpiła w tej roli także w Staatsoper Stuttgart.
W bieżącym sezonie Magdalena Stefaniak wystąpi także jako Despina w „Così fan tutte” Wolfganga Amadeusza Mozarta w najnowszej premierze Teatru Wielkiego – Opery Narodowej (marzec 2024), w tym dziele zaśpiewa też Fiordiligi na scenie Warszawskiej Opery Kameralnej (czerwiec 2024). W Teatrze Wielkim wystąpi też jako I Furia w koncertowej prezentacji „Beatrix Cenci” Ludomira Różyckiego (maj 2024). A w kwietniu w Filharmonii Pomorskiej w Bydgoszczy wykona partię sopranową w „Mszy Koronacyjnej” Wolfganga Amadeusza Mozarta.